Büyük Fen Lisesi’nde Milli Eğitim Bakanlığı’nın özel fen liselerinde zorunlu olarak okutulmasını belirlediği derslerin yanı sıra, ileri düzeyde İngilizce ve ikinci yabancı dil (Almanca, Fransızca, İspanyolca) eğitimi verilir.
 
Fen Bilimleri alan derslerinde ileri teknoloji ve ekipmanla donatılmış Büyük Kolej laboratuarlarında uygulamalı olarak eğitim yapılır.
 
Bölgesel, ulusal ve uluslararası bilim yarışmaları için proje çalışma grupları oluşturularak hafta içi ve hafta sonu ek dersler verilir.
 
Sınıflarda bulunan teknolojik donanım ile bilgisayarların gerektiği kadar ve öğrenme amaçlı kullanıldığı bilgisayar-destekli öğrenme modelinde eğitim sunulur.
 
Beden Eğitimi derslerinde fiziksel gelişimleri takip edilirken, aynı zamanda yüzme, basketbol, voleybol ve jimnastik branşlarında eğitim alınır. Yetenekleri doğrultusunda öğrenciler, okul ve kulüp takımlarına yönlendirilir.
 
Sosyal gelişimleri ve iletişim becerilerinin geliştirilmesi amacıyla ayda bir sinema, tiyatro, kültürel geziler gibi okul dışı etkinlikler düzenlenir.